How to search relevant information on PubMed (MEDLINE) and other databases.
PubMedで検索を行う際には、ほとんどの人はPubMedのウェブサイトを開いて、検索語句、検索式を入力して検索し、得られた結果をMEDLINE形式あるいはXML形式でダウンロードして利用していると思います。
PubMedにはE-utilitiesというのがあって、検索語句や検索式をデータベースに直接送信して、結果を引き出すことができるようになっています。 PubMed Utilities Help に解説があります。
これを利用して、作成した検索式からPubMedのホームページを開くことなく、直接検索結果を引き出して、文献リストを表示するウェブページpmSearchを作成しました。Recordで作成した文献リストでさまざまな処理が可能です。このブログのメニューのSR CPG Web Toolsからリンクしてあります。
pmSearchはJavaScript, jQueryを使って作成しました。作成した文献リストからバイアスリスク、非直接性を評価し、メタアナリシスを実行することもできます。
2009年1月15日、当時のオバマ大統領が一般教書演説の中で、CER 比較効果研究の推進について述べ、11億ドルの予算がつけられ、その後の医学研究、医療に大きな影響を与えることになりました。Institute of Medicine (IOM, 現National Academy of Medicine, NAM)のCERの定義は以下の通りです。
“The generation and synthesis of evidence that compares the benefits and harms of alternative methods to prevent, diagnose, treat, and monitor a clinical condition, or to improve the delivery of care. The purpose of CER is to assist consumers, clinicians, purchasers, and policy makers to make informed decisions that will improve health care at both the individual and population levels.”
“比較効果研究CERは臨床状態の予防、診断、治療、モニターのためあるいはケアの供給を改善するための方法の選択肢の益と害を比較するエビデンスの生成と統合を行うことである。CERの目的は個人および集団の両方で、消費者、臨床家、購入者と政策決定者が、ヘルスケアを改善するであろう、情報を与えられた上での決断を支援することである。”
さらに、CERの6つの特徴として以下の項目があげられている。
1．目的は特定の臨床決断に情報をあたえること。
2．それぞれが最善の医療となる可能性のある少なくとも2つの介入の選択肢を比較すること。
3．群（population）および亜群レベルで患者アウトカムを取り扱い記述すること。
4．益だけでなく害を含む患者にとって重要なアウトカムを測定すること。
5．対象となる決断に適切な研究手法およびデータソースを用いること。
6．介入が用いられるであろうセッティングに可能な限り近いセッティングで行われる。
定義およびこれらの項目からCERに関するキーワードをあげると以下のようになるでしょう。
①Effectivenessすなわち実臨床における効果、②患者中心アウトカム、③益と害の評価、④決断支援、⑤選択肢の比較、⑥すべてのステークホルダーの最大限の参加・貢献および結果の活用、⑦エビデンスの生成と統合（一次研究と二次研究であるシステマティックレビュー/メタアナリシス）
PubMed Special Queries: Directory of Topic-Specific PubMed QueriesにはComparative Effectiveness Researchの検索式が用意されており、Research Categoryとして、
〇Randomized controlled trials,
〇Observational Studies (cohort, administrative data, registries, and electronic health records),
〇Systematic Reviews, Simulations, Models、
Selected Topicsとして、
〇Health Disparities,
〇Costs and Cost Analysis,
〇Comparative Effectiveness Research as Subject
が検索語句と組み合わせてPubMed検索ができるようになっています。これらのいずれか一つあるいはすべてを選択して検索ができます。
Randomized controlled trialsではrandomized controlled trial[pt]よりもより多くの文献が引き出され、一方Cochraneのランダム化比較試験のフィルターよりも少ない文献が引き出されます。
Comparative Effectiveness Research as Subjectを組み合わせると数は少ないですが、臨床へのインパクトがありそうな論文が引き出されてきます。
たとえば、acute appendicitisで検索したところ、28件の論文が引き出されましたが、その中の2番目の論文は、Ehlers AP, Davidson GH, Deeney K, Talan DA, Flum DR, Lavallee DC: Methods for Incorporating Stakeholder Engagement into Clinical Trial Design. EGEMS (Wash DC) 2017;5:4. PMID: 29930955で、CERの考え方、Patient-centered outcomeの重視、研究デザイン策定の段階から、患者さんを含む利害関係者の参加を求めるなど、臨床研究における新しい試みが追及されていることがわかります。
PubMedでは医学主題見出しMedical Subject Headings MeSHと呼ばれる語句が各文献にインデクサーによってインデクスされています。検索語句に対応するMeSHが同義語辞典シソーラスに含まれていれば、検索語句がその文献のタイトルやアブストラクトに含まれていなくても、そのMeSHでインデクスされている文献を探し出し、引き出すことで、同じ意味あるいは概念の語句が含まれている文献として引き出すことが可能になる仕組みです。その検索語句がMeSHであることを指示するには、語句に続けてあるいはスペースを入れて、[mh]と書きます。[mesh], [MeSH Terms]でも同じです。
MeSHはデータべース化されており、どのような用語があるか検索して調べることができます。また、MeSHは概念の広さによって、階層化されています。Decision Makingに関連する用語がMeSHではどのように扱われているか調べてみました。
MeSH用語、定義と導入された年度、Entry Terms、その他について紹介します。Entry Termsは一部のみ示します。取り上げた語句は、Decision Making, Clinical Decision-Making, Decision Support Techniques, Cost-Benefit Analysis, Patient Preference, Risk Assessment, Outcome Assessment (Health Care), Patient Outcome Assessment, Patient Harm, Safetyです。
なお、Entry Termというのはその語句をMeSHとして指定してPubMedを検索するとそれに対応したMeSH Termに置き換えられて検索が行われるものです。例えば、medical decision making[mh]で検索すると、対応するMeSH TermはClinical Decision-Makingなので、”clinical decision-making”[MeSH Terms]で実際の検索が行われます。
Decision Making
The process of making a selective intellectual judgment when presented with several complex alternatives consisting of several variables, and usually defining a course of action or an idea.
Shared Decision Making
Shared Decision Makings
*shared decision making AND 2019[dp]で検索すると実際の検索式はAutomatic Term Mapping (ATM)が作動して、(“decision making”[MeSH Terms] OR (“decision”[All Fields] AND “making”[All Fields]) OR “decision making”[All Fields] OR (“shared”[All Fields] AND “decision”[All Fields] AND “making”[All Fields]) OR “shared decision making”[All Fields]) AND 2019[dp]で行われ3648件ヒットします。shared decision making[mh] AND 2019[dp]とMeSH Termであることを指定すると、”decision making”[MeSH Terms] AND 2019[dp]で検索が実行され171件のみになります。
Clinical Decision-Making
Process of formulating a diagnosis based on medical history and physical or mental examinations, and/or choosing an appropriate intervention.
Year introduced: 2016
Medical Decision Making
Clinical Decision Making
*以前のMeSHはDecision Making (1972-2015)
Decision Support Techniques
Mathematical or statistical procedures used as aids in making a decision. They are frequently used in medical decision-making.
Year introduced: 1991
Decision Aids
Decision Analysis
Decision Modeling
Clinical Prediction Rule
Decision Support Model
*Health Care Categoryの下4番目の階層でInformation Science Categoryの下5番目の階層。
Cost-Benefit Analysis
A method of comparing the cost of a program with its expected benefits in dollars (or other currency). The benefit-to-cost ratio is a measure of total return expected per unit of money spent. This analysis generally excludes consideration of factors that are not measured ultimately in economic terms. Cost effectiveness compares alternative ways to achieve a specific set of results.
Year introduced: 1976
Cost EffectivenessCost Effectiveness Analysis
*Health Care Categoryの下4番目の階層。
Patient Preference
Individual’s expression of desirability or value of one course of action, outcome, or selection in contrast to others.
Year introduced: 2010 Patient ValueはMeSHにない。
Patient Preferences
*Health Care Categoryの下5または6番目の階層。その他、Psychiatry and Psychology Categoryの下にも位置付けられている。
Risk Assessment
The qualitative or quantitative estimation of the likelihood of adverse effects that may result from exposure to specified health hazards or from the absence of beneficial influences. (Last, Dictionary of Epidemiology, 1988)
Year introduced: 1995
Benefit-Risk Assessment
Benefit Risk Assessment
Risk-Benefit Assessment
Risk Benefit Assessment
Outcome Assessment (Health Care)
Research aimed at assessing the quality and effectiveness of health care as measured by the attainment of a specified end result or outcome. Measures include parameters such as improved health, lowered morbidity or mortality, and improvement of abnormal states (such as elevated blood pressure).
Year introduced: 1992
Outcome MeasuresOutcome Measure
Outcomes Research
*GRADE ApproachはOutcome Assessment (Health Care)->Patient Outcome Assessment->GRADE Approachとして位置付けられている。
Patient Outcome Assessment
Patient-generated evaluation data of treatment outcome or interaction in healthcare environment.
Year introduced: 2014
Patient-Centered Outcomes Research
Patient Outcomes Assessment
Patient Harm
A measure of PATIENT SAFETY considering errors or mistakes which result in harm to the patient. They include errors in the administration of drugs and other medications (MEDICATION ERRORS), errors in the performance of procedures or the use of other types of therapy, in the use of equipment, and in the interpretation of laboratory findings and preventable accidents involving patients.
Year introduced: 2014
*ひとつ上の階層がSafety。
Safety
Freedom from exposure to danger and protection from the occurrence or risk of injury or loss. It suggests optimal precautions in the workplace, on the street, in the home, etc., and includes personal safety as well as the safety of property.
Year introduced: 1991(1975)
Safeties
*Safetyの一つ下の階層にSafety ManagementやPatient Harmがある。
