Literature Search – ページ 4

SARS-CoV-2に関する文献検索

PubMedを以下の検索式で検索してみます。Searchの部分をクリックするとPubMedが開かれて検索結果が表示されます。新規タブで新規ウインドウに表示されます。

検索式1 ：フリー・フルテキストでヒトを対象にした英語と日本語の2019-2020年の文献に限定しています。重要な論文でもフリー・フルテキストでない論文は出てきません。 -> Search 1
検索式2：それも含めた検索はこちら。->Search 2

検索式1： (sars-cov-2 OR covid-19 OR “new coronavirus” OR “novel coronavirus”) AND 2019:2020[dp] AND humans[mh] AND (english[la] OR japanese[la]) AND “loattrfree full text”[sb]
または
検索式2： (sars-cov-2 OR covid-19 OR “new coronavirus” OR “novel coronavirus”) AND 2019:2020[dp] AND humans[mh] AND (english[la] OR japanese[la])

humans[mh]を除いた検索式は以下の通りになります。ヒトを対象にした研究に限定しないので、引き出される文献数が多くなります。Searchの部分をクリックしてください。
検索式3：フリー・フルテキストで英語と日本語の2019-2020年の文献です。->Search 3
検索式4：フリー・フルテキスト以外の論文も含める検索はこちら。->Search 4
検索式5：出版年月日とMeSH用語による制限のない、引き出される文献数が最も多い検索式はこちら。 ->Search 5

検索式3： (sars-cov-2 OR covid-19 OR “new coronavirus” OR “novel coronavirus”) AND 2019:2020[dp] AND (english[la] OR japanese[la]) AND “loattrfree full text”[sb]
または
検索式4： (sars-cov-2 OR covid-19 OR “new coronavirus” OR “novel coronavirus”) AND 2019:2020[dp] AND (english[la] OR japanese[la])
または
検索式5：sars-cov-2 OR covid-19 OR “new coronavirus” OR “novel coronavirus”

Searchの部分をクリックした場合、その検索式をPubMed側にGETメソッドで送り、結果が表示されるので、その時点の最新の検索結果が表示されます。

さて、検索式1の結果を見ると、中国の武漢の医師を中心としたグループからGRADEアプローチに準じた”Rapid advice guideline”が発表されています。

Jin YH, Cai L, Cheng ZS, Cheng H, Deng T, Fan YP, Fang C, Huang D, Huang LQ, Huang Q, Han Y, Hu B, Hu F, Li BH, Li YR, Liang K, Lin LK, Luo LS, Ma J, Ma LL, Peng ZY, Pan YB, Pan ZY, Ren XQ, Sun HM, Wang Y, Wang YY, Weng H, Wei CJ, Wu DF, Xia J, Xiong Y, Xu HB, Yao XM, Yuan YF, Ye TS, Zhang XC, Zhang YW, Zhang YG, Zhang HM, Zhao Y, Zhao MJ, Zi H, Zeng XT, Wang YY, Wang XH; , for the Zhongnan Hospital of Wuhan University Novel Coronavirus Management and Research Team, Evidence-Based Medicine Chapter of China International Exchange and Promotive Association for Medical and Health Care (CPAM). A rapid advice guideline for the diagnosis and treatment of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infected pneumonia (standard version). Mil Med Res. 2020 Feb 6;7(1):4. doi: 10.1186/s40779-020-0233-6. PMID: 32029004; PMCID: PMC7003341.

スピードがすごいですね。診療ガイドライン作成方法論についてはだいぶ前から学習を進めていた、あるいは方法論の専門家が育成されていたということなのでしょう。

PubMedを開くとCenters for Disease Control and Prevention (CDC)のCoronavirus (COVID-19)に関するページへのリンクとNational Institutes of Health (NIH)のCoronavirus (COVID-19)の研究に関するページへのリンクが表示されます。

New PubMed

US National Library of Medicineが運営する医学文献データベースPubMedが新しくなりました。2020年の春には、今までのLegacy PubMedは無くなり、New PubMedに完全に移行するそうです。

デザインが変わっただけでなく、機能的にもかなり変わっています。デフォルトのソーティングがBest Matchになり、AIも導入して、それまでの類似の検索でクリックされた文献の情報を学習して、テーマと関連があると思われる文献を上位に表示するそうです。The New PubMed is Hereというページに簡単な解説があります。

検索結果のリストでCiteという部分をクリックするといくつかのフォーマットで引用文献に使えるよう、クリップボードにコピーすることができます。論文を書くときに引用文献を付ける作業に便利でしょう。Shareという部分をクリックすると、FB、TwitterにPubMed内のその文献へのリンクをアップしたり、リンク（PERMALINK)をコピーしたりできます。その検索式でのアラートCreate alertの作成もできるとのことです。

検索結果のソーティングをMost recentに変更することもできます。従来通り、左サイドバーにARTICLE TYPEでMeta-analysis, Randomized controlled trial, Systematic reviewを指定したり、Additional filtersからはObservational Studyなどを指定できます。

SAVEからはSummary, RIS, PMID, Abstract, CSVの形式でファイルとしてダウンロードできます。RISはResearch Information SystemのことでEndNoteで直接読み込める形式のテキストファイルです。従来のMEDLINE形式に似てますが、MeSHの情報が含まれていません。MEDLINE形式のファイルを利用していたプログラムは改修が必要ですね。

現在1分に2件のスピードで新たに文献が収載されているそうです。文献数の増加に伴い、より効率的な検索法が必要になり、それを開発しているということですね。New PubMedでは、PCだけでなく、タブレット、スマートフォンでも同じ機能が使用できるそうです。

2020年4月1日のNewPubMedに関する投稿はこちらです。

PubMed E-utilitiesとpmSearch

PubMedで検索を行う際には、ほとんどの人はPubMedのウェブサイトを開いて、検索語句、検索式を入力して検索し、得られた結果をMEDLINE形式あるいはXML形式でダウンロードして利用していると思います。

PubMedにはE-utilitiesというのがあって、検索語句や検索式をデータベースに直接送信して、結果を引き出すことができるようになっています。 PubMed Utilities Help に解説があります。

これを利用して、作成した検索式からPubMedのホームページを開くことなく、直接検索結果を引き出して、文献リストを表示するウェブページpmSearchを作成しました。Recordで作成した文献リストでさまざまな処理が可能です。このブログのメニューのSR CPG Web Toolsからリンクしてあります。

pmSearchはJavaScript, jQueryを使って作成しました。作成した文献リストからバイアスリスク、非直接性を評価し、メタアナリシスを実行することもできます。

Comparative Effectiveness Research (CER)比較効果研究

2009年1月15日、当時のオバマ大統領が一般教書演説の中で、CER 比較効果研究の推進について述べ、11億ドルの予算がつけられ、その後の医学研究、医療に大きな影響を与えることになりました。Institute of Medicine (IOM, 現National Academy of Medicine, NAM)のCERの定義は以下の通りです。

“The generation and synthesis of evidence that compares the benefits and harms of alternative methods to prevent, diagnose, treat, and monitor a clinical condition, or to improve the delivery of care. The purpose of CER is to assist consumers, clinicians, purchasers, and policy makers to make informed decisions that will improve health care at both the individual and population levels.”

“比較効果研究CERは臨床状態の予防、診断、治療、モニターのためあるいはケアの供給を改善するための方法の選択肢の益と害を比較するエビデンスの生成と統合を行うことである。CERの目的は個人および集団の両方で、消費者、臨床家、購入者と政策決定者が、ヘルスケアを改善するであろう、情報を与えられた上での決断を支援することである。”

さらに、CERの6つの特徴として以下の項目があげられている。
1．目的は特定の臨床決断に情報をあたえること。
2．それぞれが最善の医療となる可能性のある少なくとも2つの介入の選択肢を比較すること。
3．群（population）および亜群レベルで患者アウトカムを取り扱い記述すること。
4．益だけでなく害を含む患者にとって重要なアウトカムを測定すること。
5．対象となる決断に適切な研究手法およびデータソースを用いること。
6．介入が用いられるであろうセッティングに可能な限り近いセッティングで行われる。

定義およびこれらの項目からCERに関するキーワードをあげると以下のようになるでしょう。
①Effectivenessすなわち実臨床における効果、②患者中心アウトカム、③益と害の評価、④決断支援、⑤選択肢の比較、⑥すべてのステークホルダーの最大限の参加・貢献および結果の活用、⑦エビデンスの生成と統合（一次研究と二次研究であるシステマティックレビュー/メタアナリシス）

PubMed Special Queries: Directory of Topic-Specific PubMed QueriesにはComparative Effectiveness Researchの検索式が用意されており、Research Categoryとして、
　〇Randomized controlled trials,
　〇Observational Studies (cohort, administrative　data,　registries,　and　electronic　health　records),　
　〇Systematic　Reviews,　Simulations,　Models、
Selected Topicsとして、
　〇Health Disparities,
　〇Costs and Cost Analysis,　
　〇Comparative Effectiveness Research as Subject
が検索語句と組み合わせてPubMed検索ができるようになっています。これらのいずれか一つあるいはすべてを選択して検索ができます。

Randomized controlled trialsではrandomized controlled trial[pt]よりもより多くの文献が引き出され、一方Cochraneのランダム化比較試験のフィルターよりも少ない文献が引き出されます。

Comparative Effectiveness Research as Subjectを組み合わせると数は少ないですが、臨床へのインパクトがありそうな論文が引き出されてきます。

たとえば、acute appendicitisで検索したところ、28件の論文が引き出されましたが、その中の2番目の論文は、Ehlers AP, Davidson GH, Deeney K, Talan DA, Flum DR, Lavallee DC: Methods for Incorporating Stakeholder Engagement into Clinical Trial Design. EGEMS (Wash DC) 2017;5:4. PMID: 29930955で、CERの考え方、Patient-centered outcomeの重視、研究デザイン策定の段階から、患者さんを含む利害関係者の参加を求めるなど、臨床研究における新しい試みが追及されていることがわかります。