Rのsource()関数の応用

統計解析プラットフォームとして広く使われており、プログラミング言語であるRにはsource(URL)という関数があります。Rのスクリプトをウェブサーバーにアップロードしておき、そのファイルのURLをsource()関数の引数として設定し、Rでそれを実行させると、ウェブサーバーからスクリプトが読み込まれて実行されます。

解析対象のデータはクリップボードにコピーしておいて、それをread.delim()関数で変数に読み込んで、その変数に対して処理を行うスクリプトを用意しておくことで、各自用意したデータを解析するシステムが作れます。解析したいデータはCSVファイルで用意して、それを読み込ませて解析する方法も可能です。

source()関数で読み込むRのスクリプトはウェブサーバーに置いてありますが、それを読み込んで実行させるスクリプトは各自のPCにインストールしたRで実行します。それを読み込んで実行させるスクリプトは、各自で保存しておくこともできますし、別のウェブページから提供することも可能です。useRsもそのようなウェブページのひとつですが、別の方法でも同じことが可能です。

例えば、メタアナリシスのさまざまなモデルに対応したスクリプトを用意して、ウェブページで選択して、実行させるというようなことができます。

システマティックレビューに必要なExcelシートを集め、メタアナリシスのためのRのスクリプトを含めたBookを作りました。2023_excel_book_for_sr_v.0.96.xlsxから自分の必要なシートをシートのタブを右クリックして、My SR Book.xlsxにコピーを追加し、目次のシートに各シートの名前を入力してそれらへのリンクを設定し、利用することができます。

リスク比、オッズ比、リスク差、ハザード比、平均値差、標準化平均値差 (RR, OR, RD, HR, MD, SMD)のメタアナリシスをRのmetaforパッケージで、診断精度研究のメタアナリシスをRのmadaパッケージを利用して実行します。Forest plotの作成にはRのforestplotパッケージを用いる場合もあります。Rをインストールし、必要なパッケージをRでインストールしてから使います。

Pictogram1000ff 正味の益とピクトグラム作成

益のアウトカムと害のアウトカムを最大10個まで設定可能で、絶対リスク=単一群のイベント数を1000人あたりの人数で設定し、アウトカムの重要性を0~100で設定して、対照群と介入群の正味の益の差を計算するとともに、ピクトグラムとイベント数の差およびアウトカムの重要性で重みづけしたイベント数の差をグラフ表示するウェブツールを作成しました。ベーラインリスクとRR, OR, HR, RDの値から介入群のイベント数を計算することもできます→https://sr.xrea.jp/tool/picto/pictogram1000ff.htm

COVID-19のステロイド全身投与に関するWHOの推奨のデータを用いた例がこちらです→https://sr.xrea.jp/tool/picto/covid-19-systemic-steroid-who.htm

アウトカムの重要性の値は個人で異なるので、いろいろ値を変更して正味の益がどう変わるか試すことができます。