診断の統計学基礎

表記のタイトルでスライドと解説をまとめました。最後のスライドの解説にはQuizへのリンクも付けてあります。Analytic frameworkでの位置づけ、ベイズの定理、ROC解析、多項ロジスティック回帰分析、共分散による感度の調整、治療検査閾値、などについて解説します。

診断は感度・特異度の世界のままで、実臨床への応用においてはまだまだ未発達だと思います。2つの診断法を比較して、どちらを実施すべきかを決めるために、それぞれの診断法の感度・特異度だけでもいいかもしれませんが、実臨床の場では、複数の診断法を組み合わせるのがノルムで、その場合の感度・特異度はいくつなのかについてはデータがほとんどありません。さらに、陽性・陰性の二値ではなく、診断法の結果は3つ以上のカテゴリの場合も普通です。鑑別診断では疾患がある無しではなく、3つ以上の想定される疾患からどの疾患の可能性が一番高いかを決めるのが普通です。

こちらですLink

四分表 Two-by-two table, 2×2 table

ランダム化比較試験で2つの治療選択肢の効果を比較する場合、ひとつのアウトカムに対して、アウトカムが二値変数Dichotomous variableであれば、いわゆる四分表 two-by-two table、 2×2 tableにデータをまとめます。

四分表はクロス集計表のひとつです。クロス集計表は二つのカテゴリー、例えば、男性と女性でいくつかのカテゴリーに分類される変数、例えば、好きなスポーツ、について度数を集計したような場合に作成されるものです。四分表ではその変数が二つのカテゴリーに分類される場合のクロス集計表に相当することになります。

例えば、このような表です。a, b, c, d, nt, ncは人数を表します。

アウトカム(+)アウトカム(-)症例数
介入群abnt
対照群cdnc

診断精度に関する研究の場合も、対象者が疾患あり、なしの二値変数で分類され、診断検査法の結果が陽性・陰性の二値変数の場合は、同様に四分表で結果を表し、診断能の指標である感度・特異度が算出されます。

陽性陰性症例数
疾患群abnd
対照群cdnc
感度=a/(a + b) = a/nd 特異度 = c/(c+ d) = c/nc

このように四分表はさまざまな分析で活用されますが、単純化され、分かりやすいという利点があります。ランダム化比較試験で介入の効果を表すために効果指標としてリスク比、オッズ比、リスク差などが計算されますが、上記の四分表のデータであれば以下の様に計算されます。

リスク比 = [a/(a + b)]/[c/(c + d)] = (a/nt)/(c/nc)

オッズ比 = (a/b)/(c/d)

リスク差 = a/(a + b) – c/(c +d)

これらの効果指標の95%信頼区間を計算し不確実性の評価ができますし、アウトカム(+)の割合に差が無いという帰無仮説に対するP値を計算することもできます。

四分表は単純化されているという点について少し考えてみましょう。ランダム化比較試験の例について元データはどのようなものか考えてみます。元データは、個人個人のデータを1行に集計します。それを症例数分集めます。上記の四分表のデータからは以下の様な元データが復元できます。アウトカムは1がアウトカム(+)、0がアウトカム(-)を意味します。もし各群で平均値を計算 すると、アウトカム(+)の症例の割合が得られます。

症例番号治療アウトカム
1介入1
2介入0
3介入1

介入群の症例数nt人分の行が続く:           1がa人、0がb人

例えば51対照0
52対照0
53対照1

対照群の症例数nc人分の行が続く:          1がc人、0がd人

さて、治療選択肢とアウトカム以外のそれぞれの個人の属性についてのデータはここでは含まれていません。治療選択肢が2つ、アウトカムが2つの値をとる変数であるため、クロス集計表を作成すると四分表になります。その他の、それらの属性の中にアウトカムに影響を与える因子が含まれているのが普通です。たとえば、年齢はさまざまな疾患で生存を含め、さまざまなアウトカムに影響を与えるはずです。もし年齢が介入群で対照群より若い場合、結果は介入群に有利に働く可能性が高くなります。

実際には元データは以下の様にさまざまな属性のデータを含んでいます。病期、重症度などもアウトカムに影響を与えるでしょう。

症例番号治療アウトカム性別年齢病期重症度その他・・・
1 介入1男性55I1・・・
2介入0女性75II2・・・
3介入1女性62I1・・・

介入群の症例数nt人分の行が続く:  アウトカム1がa人、0がb人

例えば51 対照0 女性 70II 2 ・・・
52対照0男性83II2・・・
53対照1男性74I1・・・

対照群の症例数nc人分の行が続く: アウトカム1がc人、0がd人

これらの因子を無視して介入の効果を証明することは可能なのでしょうか?もし可能だとしたら、ランダム割り付けが適切に実施され、介入群と対照群でこれらの因子、すなわち背景因子についてバランスがとれていることが前提として必要になります。

実際には、ランダム化を危うくするバイアスがあり、例えばコンシールメントがされていない場合がそれに該当します。コンシールメントは担当医が割り付けを予測できないようにすることで、例えば、中央管理で割り付けが通知されるような方法がとられていれば、コンシールメントは守られ、他のバイアスがない場合には、ランダム化が確実になると言えます。

観察研究では背景因子のバランスを取るために、傾向スコア解析Propensity score analysisや操作変数法Instrumental variable methodなどが用いられることがありますが、未知の因子についてはバランスを取ることはできないため、ランダム化の達成には限界があります。

ここでいう背景因子は交絡因子に相当するものです。つまり、割り付けとアウトカムの両方に影響を与える共通因子です。交絡因子の影響はデータ解析の時点である程度調整が可能で、そのためには多変量解析が用いられます。多変量解析では各説明変数間の相関も加味されてそれぞれの変数の介入の効果への関わりの程度を知ることができるとともに、それらで調整された介入の効果を知ることができます。ランダム化比較試験でも多変量解析が意味を持つ場合があります。

四分表を用いて解析をする際には、元データを想像することが重要だと思います。四分表だけを見ているとそれを忘れがちです。

アウトカムが二値変数であれば、異なるアウトカムに対して、それぞれ四分表を作成することができます。しかし、それら四分表のデータから元データの表を復元することはできません。それら因子の間の相関については、個別の四分表からは知ることができません。

相関を知りたい変数のデータが個々の症例について必要になります。データ収集の際にはこの点も認識しておく必要があります。これは複数の診断検査を診断に用いる場合には、個別の診断検査の感度・特異度だけでは不十分であり、それらの共分散(あるいは相関)のデータが必要であるということとも関係しています。

また、アウトカムのカテゴリーが3つ以上、治療のカテゴリーが3つ以上の場合は、2×3や3×3になったりします。2×2は一番単純で、解析もより容易ですが、オールマイティ―というわけではありません。

Cochrane Risk of Bias Tool ver.2.0と評価用ウェブツール

ランダム化比較試験のバイアスリスクの評価ツールとしてCochrane Risk of Bias Tool ver.2.0が2019年8月に最終版が完成し、広く使われるようになってきました (Current versionへの Link)。評価ドメインが5つに限定され、概念は同じですが、名称が解説的なものに変わりました。シグナリングクエスチョンに答えてゆくことで、アルゴリズムに従って、評価がLow, Some concerns, Highのいずれかに決まる仕組みになっています。(Version 1.1ではLow, Unclear, High, でした。)アルゴリズムによる自動判定のツールも含んだExcel macroも公開されています。なお、アルゴリズムによる判定と評価者の判定が違う場合は、評価者の判定を優先します。また、クラスターランダム化比較試験、クロスオーバー試験用のツールは別になっています。

シグナリングクエスチョンに答えていけば、判定ができるようになっていますが、アルゴリズムのどこに合致するかを見ないといけませんし、初心者にはシグナリングクエスチョンそのものの意味が分からない場合もあると思います。従来の方法と比べると、判定の手順はかなり労力を要するものになっていると思います。特にアルゴリズムは記憶できる範囲を超える量なので、RoB 2ガイダンスドキュメントを参照しながら判定する必要があり、時間もかかります。

その様な作業を容易にするために、シグナリングクエスチョンの行をクリックすると表示される解説を見ながらシグナリングクエスチョンに答えていくことで、アルゴリズムに従い、自動的に判定するWeb toolを作成しました。(プログラミングはJavaScriptを用いています)。Cochraneのウェブサイトの紹介、RoB 2のガイダンスドキュメントの紹介、RoB 2ウェブツールの紹介、評価シートとの連携、評価シートからR+metafor, forestplotによるメタアナリシスの実行まで解説した動画(11分13秒)を作成しました。

メタアナリシスをすべきかどうかそれが問題だ

AHRQ Agency for Healthcare Research and Qualityから2018年にQuantitative Synthesis-An Updateというレポートが出されています。(2020年に訂正あり)。執筆者は12名、ピアレビューは15名が担当しています。

メタアナリシスをしようと思った時に、各研究間に異質性がある場合、それらを単にプールして統合値を求めることに当然疑問を抱くと思います。メタアナリシスをすべきかどうかそれが問題だという時に役に立つ情報です。

5章から構成され、以下のテーマが取り上げられています。1. 試験結合の決定、2. エフェクトサイズデータの使用の最適化、3. 研究結合のための統計学的モデルの選択、4. 統計学的異質性の定量化・検定・探索、5. ネットワークメタアナリシス。

今回は、第1章 試験結合の決定の概要を紹介します。メタアナリシスをすべきか決めるためのフローチャートが提示されているので、スライドと解説としてまとめてみました。最後にQuizが2つあります。Link to ”Pooling decision tree”

メタアナリシスをしようと思った時に出てくるさまざまな疑問に答えられる有用な情報になると思います。これに沿って考えることは役に立つと思います。

もう一つ重要なポイントは、この報告書をWorking Groupがどのように作成したかについてです。かれらは、「14カ月にわたって、テレカンファレンスで、①プロジェクトの方向性、スコープ、②仕事の分担・協働、③データの収集・分析について議論し、④ドラフトについて議論し編集を行った。最初の会議では、ドラフトのアウトライン、タイムラインについて議論し、合意形成の方法について同意を得た。」

「大グループは2週おきにテレカンファレンス、章別に小グループに分かれ、それとは別に作業の調整をし、文献レビューの結果について議論し、それぞれの章のドラフトを書いた。後で、全章をひとつにまとめ、2週おきに議論した。」

「文献検索専門家が章ごとの文献検索を行った。それらを全章に渡ってまとめた。16,000の文献を含む、AHRQ SRC Methods Libraryを用いた。追加の文献は、最近のSR、レビュー、エディトリアル、エキスパートのレビューから探した。」

要点は:
・元になる文献のレビューの段階から、チームで議論をしている。
・合意形成の手順についてあらかじめ議論し、それを共有した。
・2週おきの議論を繰り返した。

これほどのエンゲージメントは大変だろうと思いますが、チームワークで作業をする場合これくらいする必要があるだろうと思います。このような手順であれば、論文の解釈についても議論され、参加者の理解が深まり、共有されることになるでしょう。誰か分かっていそうな人が書いた原稿を誰か別の人が査読してOKなら終了というのとは全く違うと思います。