Literature Search – ページ 2

GammaでPowerPointスライド作成

文章からPowerPointのスライドを作成してくれるGammaというAIサイト (https://gamma.app/ja)もかなりすごいです。たとえば、”Important points of literature search for systematic reviews.”と書き込むだけで、”システマティックレビューにおける文献検索の重要性”というタイトルで8枚のスライドを作ってくれました。タイトルを「システマティックレビューにおける文献検索のキーポイント」に書き換えたり、その他一部修正しましたが、自分で図を描くことを考えると非常に効率的です。

また、MapifyというAIサイト（https://mapify.so/ja）は動画ファイルからマインドマップを作成してくれます。例えば、私のIZ statの動画「診療ガイドライン作成におけるシステマティックレビュープロセスのエッセンス」からPowerPointのスライド「システマティックレビューのプロセス」を作成してみました。やはりある程度の手直しが必要でしたが、非常に効率的です。（無料の範囲ではスライド枚数に制限があります。）

IZ stat（https://www.youtube.com/channel/UCqzzJbfQwKDvValptCAM4gg）
「診療ガイドライン作成におけるシステマティックレビュープロセスのエッセンス」(https://youtu.be/dEqvQg1ljI4)

作成したPPTのファイルはこちらです：
「システマティックレビューにおける文献検索のキーポイント」 Link
「システマティックレビューのプロセス」 Link

Napkin aiを用いたSRのための文献検索解説書作成

Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions. v.6.5 LinkのChapter 4は文献検索に関する内容です。文献検索について、Mandatory必須の作業として以下の項目が挙げられています。（一つはHighly desirableです）。

C19: Planning the search (Mandatory)
C24: Searching general bibliographic databases and CENTRAL (Mandatory)
C25: Searching specialist bibliographic databases (Highly desirable)
C27: Searching trials registers (Mandatory)
C30: Searching reference lists (Mandatory)
C26: Searching for different types of evidence (Mandatory)
C32: Structuring search strategies for bibliographic databases (Mandatory)
C33: Developing search strategies for bibliographic databases (Mandatory)
C35: Restricting database searches (Mandatory)
C48: Examining errata (Mandatory)
C37: Rerunning searches (Mandatory)
C36: Documenting the search process (Mandatory)
C42: Collating multiple reports (Mandatory)
C40: Excluding studies without useable data (Mandatory)
C39: Making inclusion decisions (Mandatory)
C41: Documenting decisions about records identified (Mandatory)

日本語にすると：
システマティックレビューのための文献検索
検索の計画 (必須)
一般書誌データベースおよび CENTRAL の検索 (必須)
専門書誌データベースの検索 (極めて望ましい)
臨床試験登録の検索 (必須)
参考文献リストの検索 (必須)
さまざまなタイプのエビデンスの検索 (必須)
書誌データベースの検索戦略の構築 (必須)
書誌データベースの検索戦略の開発 (必須)
データベース検索を制限すること（必須）
誤りの訂正報告を調べること（必須）
検索を再実行すること（必須）
検索プロセスを文書化すること（必須）
複数のレポートの照合（必須）
使用可能なデータがない研究の除外（必須）
組み入れの決定（必須）
特定された記録に関する決定の文書化（必須）

この日本語のテキストをNapkin ai (https://www.napkin.ai/)で図入りの解説書を作成してみました。PDFファイルとして出力できます。図はその最初の部分です。（Napkinは現時点でベータ版で無料で使えます。）

PDFファイルはこちらです。Link

一部手直ししましたが、分かりやすい解説書ができたと思います。図はNapkinが作成してくれたもので、解説の部分もそうです。このような図を自分で描くとなると結構大変だと思いますが、あっという間にできました。図柄の変更や、細部の修正もブラウザー上でできます。

これぐらいのレベルだと、このPDFファイルをプレゼンテーションにも使えそうです。

GoogleドキュメントでOCR

Googleドライブに置いた画像ファイル、つまり、文章の印刷物のスキャン画像、あるいは画面キャプチャ―した文章の画像のファイルを右クリックして、アプリで開く→Googleドキュメントを選択して開くとOCR機能が作動して、テキストに変換してくれるそうです。画像ファイルはJPEG、PENGいずれも大丈夫のようです。OCRはOptical Character RecognitionまたはReaderのことです。

実際にやってみましたが、そのまま正確にテキスト化してくれます。英語、日本語いずれもOKです。Google Chromeを起動して、Googleドライブを開き、これらの操作を行います。GoogleドライブにOCRのような名前のフォルダーを作って、そこへ画像ファイルをアップロードしておいて、操作すればいいと思います。カメラで撮影したファイルでもきれいに撮れていればテキスト化できるようです。

テキスト化したら、以前紹介したように、DeepLで翻訳することができます。

PubMed検索結果をGoogleスプレッドシートで処理する方法を紹介しましたが、Googleドキュメントもすごく進化してますね。

PubMed のSearch Details

Legacy PubMedでは、検索結果が表示される際に、右サイドバーにSearch Detailsが表示されており、すぐ確認することができましが、現在のPubMedでは、Advanced Searchのページに移動しないとSearch Detailsを見ることができません。

PubMedのUser Guideではいろいろなトピックが取り上げられていますが、この中のI’m not finding what I need. How does a PubMed search work?にSearch Detailsに関する説明があります。以下の様に書かれています。

”検索語句がどのように解釈されたかを確認するには、Advanced SearchページのHistoryの下にある各検索式Queryで得られるSearch Detailsを確認してください。検索トピックに対して正確でないと思われる翻訳を報告したい場合は、その情報をNLMヘルプデスクに電子メールで送ってください。”

検索した後、検索式を書き込むフィールドのすぐ下の一番左にある、AdvancedをクリックするとAdvanced Searchのページが開かれます。

図1．PubMedで検索語Advancedのリンクをクリックすると、Advanced Searchのページが開かれる。

ここで、History and Search Detailsの下にある、Details下の>をクリックするとSearch Detailsが表示されます。

図2．*PubMedで検索後Advancedのリンクをクリックすると、Advanced Searchのページが開かれ*Hisory and Search Detailsに検索式が表示されている。

例えば、(bias OR biases) AND (confounding OR confounder OR confounders) AND (definition OR definitions) AND review[pt] AND (english[la] OR japanese[la])という検索式で検索をすると、今日の時点では、231件が引き出されます。この検索式のSearch Detailsは図3のとおりです。元の検索式とはかなり異なっていることがわかります。すなわち、通常のPubMed検索では、Automatic Term Mapping (ATM)が作動して、入力した検索式そのままではなく、シソーラスからMeSH語句の参照も行われ、漏れが少ないより広範な検索が行われるようになっています。この点では、Legacy PubMedと同じです

図3．用いた検索式の下に、Search Detailsが表示される。この部分を選択してコピーすることができる。

一方で、pmSearchで利用している、PubMedのE-utilitiesを使って、同じ検索式を直接PubMed Databaseに送信して、結果を得る方法では、133件しか、返ってきません。詳細は省略しますが、以下のスクリプトのsqueryの変数に検索式が格納されています。pmSearchでは、これをJavaScriptで送信して、検索結果を得ています。

“https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&retmode=json&retmax=10000000&sort=’pub+date’&term=”+squery;

この場合は、ATMは作動しないので、検索式の条件に合致する文献のみが引き出されます。

さて、pmSearchではHow many？でE-utilitiesを使った場合に引き出される文献数をあらかじめ確認できます。また、Search in PubMedでPubMedが開かれ、PubMedの通常の検索が行われます。この2つの文献数が異なる場合、普通は前者の方が少なくなりますが、ATMの作動した結果と同じ結果が欲しい時は、次のような方法で対処できます。Search in PubMedで検索して、Advancedをクリックして、Advanced Searchのページを開き、Detailsの検索式をコピーして、Search queryのフィールド（下から2番目のフィールド）に貼り付けて、One Action Retrievalをクリックして検索結果を得るという方法を使うことができます。こうすることで、ほぼ同じ検索結果が得られます。そして、Recordをクリックして、文献リストの表を表示して、以後の作業を進めることができます。ほぼというのは、まったく同じ結果が得られない場合もありうるという意味です。

また、PubMedで検索後、SaveからSelection:はAll results、Format:はPubMedを選んで、Create fileをクリックして、ファイルとしてダウンロードして、そのファイルをpmSearchの下の方にあるRead MEDLINEから開いて読み込むこともできます。現在のPubMedでのPubMed形式は、Legacy PubMedでのMEDLINE形式と同じ形式です。内容はテキストファイルです。

PubMedでの検索結果はデフォルトでSorted by: Best matchになっているので、検索式と関連が大きいと判定された文献が上位に表示されます。これを新しい順に変えたい場合は、検索式を書き込むフィールドの下の右に法にあるDisplay optionsをクリックし、Sort byをMost recentに変更します。

pmSearchは管理人が作成したPubMed検索用のウェブツールです。