PubMed E-utilitiesとpmSearch

PubMedで検索を行う際には、ほとんどの人はPubMedのウェブサイトを開いて、検索語句、検索式を入力して検索し、得られた結果をMEDLINE形式あるいはXML形式でダウンロードして利用していると思います。

PubMedにはE-utilitiesというのがあって、検索語句や検索式をデータベースに直接送信して、結果を引き出すことができるようになっています。 PubMed Utilities Help に解説があります。

これを利用して、作成した検索式からPubMedのホームページを開くことなく、直接検索結果を引き出して、文献リストを表示するウェブページpmSearchを作成しました。Recordで作成した文献リストでさまざまな処理が可能です。このブログのメニューのSR CPG Web Toolsからリンクしてあります。

pmSearchはJavaScript, jQueryを使って作成しました。作成した文献リストからバイアスリスク、非直接性を評価し、メタアナリシスを実行することもできます。

PRISMA statements

PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta-Analyses) PRISMAはシステマティックレビューとメタアナリシスにおける報告のための項目のエビデンスに基づく最小のセットで、これらの論文を執筆する際のガイダンスです。ネットワークメタアナリシス、診断精度研究のメタアナリシスなどについても発表されています。

Scopingスコーピング Tricco AC, et al: PRISMA Extension for Scoping Reviews (PRISMA-ScR): Checklist and Explanation. Ann Intern Med 2018;169:467-473. PMID: 30178033

DTA診断精度研究 McInnes MDF, et al: Preferred Reporting Items for a Systematic Review and Meta-analysis of Diagnostic Test Accuracy Studies: The PRISMA-DTA Statement. JAMA 2018;319:388-396. PMID: 29362800

Harms害の研究 Zorzela L, et al: PRISMA harms checklist: improving harms reporting in systematic reviews. BMJ 2016;352:i157. PMID: 26830668

Network meta-analysisネットワークメタアナリシス Hutton B, et al: The PRISMA extension statement for reporting of systematic reviews incorporating network meta-analyses of health care interventions: checklist and explanations. Ann Intern Med 2015;162:777-84. PMID: 26030634

Individual Participants Data Meta-analysis IPDメタアナリシス Stewart LA, et al: Preferred Reporting Items for Systematic Review and Meta-Analyses of individual participant data: the PRISMA-IPD Statement. JAMA 2015;313:1657-65. PMID: 25919529

Protocol プロトコール Shamseer L, et al: Preferred reporting items for systematic review and meta-analysis protocols (PRISMA-P) 2015: elaboration and explanation. BMJ 2015;350:g7647. PMID: 25555855

Interventions 介入研究 Moher D, et al: Preferred reporting items for systematic reviews and meta-analyses: the PRISMA statement. BMJ 2009;339:b2535. PMID: 19622551

Interventions 介入研究(詳細版)Liberati A, et al: The PRISMA statement for reporting systematic reviews and meta-analyses of studies that evaluate healthcare interventions: explanation and elaboration. BMJ 2009;339:b2700. PMID: 19622552

バイアスリスクのドメイン名

Cochrane Handbook for Systematic Reviews of InterventionsはVersion 6.0が2019年中ごろに完成予定とされている。それに先立ち、A revised tool to assess risk of bias in randomized trials (RoB 2)がindividually-randomized, parallel-group trialsに対するツールとして2018年10月に最終版が発表された。RoB 2 toolと非ランダム化比較試験のバイアスリスク評価ツールであるROBINS-I toolに関する情報は Cochrane Collaborationのriskofbias.info で得られる。ROBINS-Iは Risk Of Bias In Non-randomised Studies – of Interventionsのことである。

また、米AHRQも2017年12月13日に Assessing the Risk of Bias in Systematic Reviews of Health Care Interventions. を発表し、Cochrane RoB 2 toolとROBINS-Iを統合したようなバイアス評価法を発表している。この報告書のTable 3. Description of risk-of-bias categories and study design-specific assessment criteria for randomized and nonrandomized studies of interventions (adapted from ROBINS-I)にバイアスリスクのドメインと適用すべき研究デザインがまとめられている。

研究デザインはRCTs、Nonrandomized studies、Case-controlsの3つ、バイアスリスクのドメインはRCT用に5つ、それ以外に対して2つに分類されている。

Bias arising in the randomization process or due to confounding
Bias due to departures from intended interventions
Bias in measurement of outcomes
Bias from missing data
Bias in reporting results selectively
+
Bias in selecting participants into the study
Bias in classifying interventions

従来の名称は、それぞれSelection bias選択バイアス、Performance bias実行バイアス、Detection bias検出バイアス、Attrition bias症例減少バイアス、Selective outcome reporting選択的アウトカム報告バイアスであるが、概念は同じである。

一方CochraneのRoB 2およびROBINS-IはAHRQとほとんど同じであるが、言葉遣いが若干異なっている。また、それぞれのドメインの評価のためのSignalling questionsが用意されていて、それらにYes/Probably yes/Probably no/No/No informationまたはNot applicableで答えて結果が得られるように構成されている。

RoB 2:
Bias arising from the randomization process
Bias due to deviations from intended interventions
Bias due to missing outcome data
Bias in measurement of the outcome
Bias in selection of the reported result

ROBINS-I:
Pre-intervention
    Bias due to confounding
    Bias in selection of participants into the study
At intervention
    Bias in classsification of interventions
Post-intervention
    Bias due to deviations from intended interventions
    Bias due to missing data
    Bias in measurement of outcomes
    Bias in selection of the reported result

Post-interventioの4ドメインはランダム化比較試験と同じである。すなわち、”選択バイアス”に該当するバイアスのドメインがランダム化比較試験と非ランダム化比較試験で異なるが、それ以外は共通の概念を有するドメインである。

AHRQの報告書ではDirection and Magnitude of Biasに関して次のように記述されている:
“In rating risk of bias, reviewers should judge (either implicitly or explicitly) both the direction and magnitude of possible bias. Regarding direction, reviewers should be careful not to assume that all study biases result in overestimation of effect sizes. As defined earlier, bias is any mis-estimation of an effect size, and both underestimations and overestimations are problematic for decision makers.  ” バイアスリスクのレーティングをする際は、可能性のあるバイアスの方向と大きさの両方を判定すべきである(暗にあるいは明示的に)。方向に関しては、すべての研究のバイアスが効果サイズの過大評価の結果をもたらすとみなさないように注意すべきである。さらにバイアスとは効果サイズのどのようなものであれ誤った推定であり、過大評価も過小評価もどちらも意思決定にとって問題である“と述べている。

一方でCochrane RoB 2 toolでは、The tool includes optional judgements of the direction of the bias for each domain and overall. (中略)If review authors do not have a clear rationale for judging the likely direction of the bias, they should not guess it.と、バイアス効果の方向の評価はオプショナルとなっている。さらに、Cochrane RoB 2 toolでは、Risk of biasは”実質的バイアスのリスク”であり、“Risk of bias” is to be interpreted as “risk of material bias”、と述べられている。そして、”That is, concerns should be expressed only about issues that are likely to affect the ability to draw reliable conclusions from the study.””その研究から信頼できる結論を引き出すことに影響しそうな問題についてのみ懸念が表明されるべきである”としている。

AHRQは介入の効果を比較するランダム化比較試験と観察研究の両方に適用できる共通の枠組みを目指したアプローチとして開発した考えられる。すなわちComparative Effectiveness Research (CER)比較効果研究を対象としている。

いずれも個々の研究の評価の段階で用いられるものである。

システマティックレビューの定義

全米医学アカデミーNational Academy of Medicine 、NAM(旧全米医学研究所Institute of Medicine, IOM)は2011年にClinical Practice Guidelines We Can TrustおよびFinding What Works in Health Care: Standards for Systematic Reviewsを出版しています。

これらの中で、システマティックレビューを次の様に定義しています。

「特定の問題に絞って、類似したしかし別々の研究の知見を見つけ出し、選択し、評価し、まとめるために、明確で計画された科学的方法を用いる科学的研究。別々の研究からの結果の定量的統合(メタアナリシス)を含むことも含まないこともある。」

メタアナリシスで効果指標の値を統計学的に統合するには、複数の研究があって、各研究が類似している、すなわち、研究デザインが同じで、対象者、介入、対照、アウトカム(PICO)、効果指標が同じである必要があります。そうでない場合、定性的統合Qualitative synthesisしかできなくなります。それを定性的システマティックレビューと呼びます。その場合でも、各研究からは定量的な効果指標の値を得られることも多いです。

定性的システマティックレビューの例として論文を3つリストアップしました。メタアナリシスは実施されていませんが、各研究のデータが表にまとめられている場合が多いです。